Bueno el Whois, según wikipedia es:

WHOIS es un protocolo TCP basado en petición/respuesta que se utiliza para efectuar consultas en una base de datos que permite determinar el propietario de un nombre de dominio o una dirección IP en Internet. Las consultas WHOIS se han realizado tradicionalmente usando una interfaz de línea de comandos, pero actualmente existen multitud de páginas web que permiten realizar estas consultas. Estas páginas siguen dependiendo internamente del protocolo WHOIS para conectar a un servidor WHOIS y hacer las peticiones. Los clientes de línea de comandos siguen siendo muy usados por los administradores de sistemas.

En otras palabras es simplemente una base de datos de información de acceso público, en el que no es tu información la que es pública sino la de tu compañía de hosting... o donde registraste el dominio.
Yo por ejemplo si registras uno de los dominios en https://www.1and1.com/dominios , cuando alguien busque la info de tu dominio le saldrán los datos de 1and1.com y no los tuyos... Y en caso de que quieras que esta información esté oculta, es posible... pero tendrás que averiguarlo directamente con tu registrador. Creo que en algunos casos tiene un coste adicional... pero tendrías que dirigirte directametne a ellos